企业应该主动与相关环境保护部门进行沟通，并积极合作解决问题。当企业发现自己犯下了环保违规行为时，应立即主动上报，并积极配合有关部门的调查和处理工作。企业需要制定切实可行的整改计划，并按照有关部门的要求进行整改，确保问题得到彻底解决。通过合作与沟通，企业可以展示其解决问题的诚意和能力，争取相关部门对其进行宽大处理或者减轻处罚。

《中华人民共和国行政诉讼法》

第七十条 行政行为有下列情形之一的，人民法院判决撤销或者部分撤销，并可以判决被告重新作出行政行为：

(一)主要证据不足的;

(二)适用法律、法规错误的;

(三)违反法定程序的;

(四)超越职权的;

(五)滥用职权的;

(六)明显不当的。

在线申报

企业可以通过税务局的网站，在线申报取消税务处罚信息。具体流程为：在线登陆税务局的网站，进入税务处罚信息查询系统，申请取消税务处罚信息。需要注意的是，申请时需要准备好公司名称、纳税人识别号等基本信息，同时需要填写申请理由。

申请行政诉讼

如果企业对税务机关的复议决定不满意，可以向人民法院提起行政诉讼。企业需要委托律师，准备好相关资料，依法提起行政诉讼请求，希望取消税务处罚信息。